La administración de FONAFIFO se realiza con la participación de una Junta Directiva, compuesta por cinco miembros (dos representantes del sector privado y tres del sector público); el nombramiento es por un período de 2 años.
Para llevar a cabo su accionar actualmente el FONAFIFO cuenta con una organigrama que incluye: la Dirección General y cinco direcciones subordinadas, a saber: Dirección de Servicios Ambientales, Dirección de Fomento Forestal, Dirección de Desarrollo y Comercialización de Servicios Ambientales, Dirección de Asuntos Jurídicos y Dirección Administrativa Financiera. Estas Direcciones se desagregan en Departamentos y Unidades, así también tenemos nueve Oficinas Regionales a efectos de propiciar funcionalidad y efectividad a la institución.
La estructura administrativa actual, se representa en el siguiente organigrama, la cual fue aprobada por el Ministerio de Ambiente, Energía y Telecomunicaciones según resolución MINAE R-536-2007 y fue publicada en la Gaceta Nº 13 del 18 de enero del 2008.
